Jõelähtme valla territooriumil voolab Jõelähtme jõgi, mis ühineb 3 km enne Ihasalu lahte suubumist Jägala jõega. Läänes on valla piiriks Pirita jõgi. Vald piirneb põhjast 42 km ulatuses Soome lahega. Pikka, käänulist rannajoont liigendab mitu poolsaart (Tahkumäe ja Koljunuki neem ning Ihasalu ja Kaberneeme poolsaar) ja mitu lahesoppi (Muuga, Ihasalu, Kaberneeme ja Kolga).
Viimati uuendatud 19.06.2026